凝膠色譜是以多孔凝膠為固定相，利用凝膠孔的空間尺寸效應，使不同大小的分子達到分離的一種高效液相色譜（HPLC）方法。其分離機理類似于分子篩效應，大體積分子只能滲入少量大孔，在固定相中所經(jīng)歷的路徑較短，先流出。所有孔隙都不能進入的大體積分子，不被保留，在死體積處流出。因此，溶質(zhì)按分子體積從大到小依次流出色譜柱。在凝膠色譜中，流動相只起溶解樣品的作用，以有機溶劑為流動相的凝膠滲透色譜（GPC）應用較多，而以水為流動相的凝膠過濾色譜的應用相對較少，這主要是因為水溶性大分子不僅可以溶于水，通常也能溶于有機溶劑中。甲苯和二甲基甲酰胺等非極性有機溶劑是常用的流動相。在凝膠色譜中，固定相表面與溶質(zhì)分子間不存在化學相互作用，即固定相是惰性多孔材料。